Les demandes sont adressées à la direction des affaires maritimes. Celle-ci vérifie la nature des cotisations et l'exactitude des montants des cotisations dont le remboursement est demandé, conjointement avec les organismes ayant perçu les cotisations, et au contrôle du respect des plafonds d'aides publiques.
Pour les sommes éligibles et en fonction des crédits ouverts sur le budget correspondant, le responsable du programme budgétaire en charge de la compensation des aides procède au versement dans la limite définie par l'article 134 de la loi susvisée.