Conformément au 3° du I de l'article 219 bis du code des douanes, la francisation d'un navire de pêche peut être également obtenue par un agrément spécial accordé conjointement par le ministre chargé de la pêche maritime et le ministre chargé des douanes.
La demande d'agrément est adressée aux services du ministre chargé de la pêche qui, après instruction, la transmettent à l'administration des douanes et droits indirects assortie de la décision ministérielle.
Elle est accompagnée de l'ensemble des pièces permettant de justifier de la situation du navire au regard des conditions relatives à la francisation fixées par l'article 219 bis du code des douanes.