Le préfet définit une ou plusieurs zones de protection intégrale qui peuvent être modifiées par arrêté préfectoral chaque année. La superficie de ces zones de protection intégrale ne peut pas représenter moins de 100 hectares. Elles sont signalées à terre et en mer par un balisage spécifique.
Au sein des zones de protection intégrale toute activité est interdite, à l'exception :
- des opérations réalisées par le gestionnaire dans le cadre de la mise en œuvre du plan de gestion de la réserve ;
- des activités de police et de secours ;
- des travaux et des activités scientifiques soumis à autorisation préfectorale.