La comptabilité du Conseil économique, social et environnemental comporte une comptabilité générale et une comptabilité budgétaire en autorisations d'engagement et en crédits de paiement. Une comptabilité d'analyse des coûts est également tenue. Une comptabilité analytique est mise en place le cas échéant, selon les besoins propres au Conseil économique, social et environnemental.
La tenue des comptes du Conseil économique, social et environnemental répond à l'objectif de qualité des comptes fixé par l'article 57 du décret du 7 novembre 2012 susvisé.