Le comité pédagogique est l'instance de réflexion et d'élaboration de l'école. Il formule des propositions sur les contenus, la pédagogie, l'organisation et l'évaluation des formations statutaires, d'adaptation et continues. Il s'assure de la constante adaptation des formations dispensées par l'école aux besoins de l'institution. Il veille à l'intégration aux contenus des formations des produits de la recherche. Le comité pédagogique se réunit au moins une fois par an. Ses propositions sont soumises à l'avis du conseil pédagogique après approbation du comité de direction.
Le comité pédagogique est présidé par le directeur général adjoint et est constitué du directeur du service de la formation, du directeur du service de la recherche et de la documentation et du magistrat chargé de mission. Selon le thème abordé, le président du comité pédagogique fait appel aux personnes qualifiées susceptibles d'enrichir ses travaux.