Le comité définit ses règles de fonctionnement et précise les modalités et les formes de ses saisines ainsi que les délais et les formes de ses réponses dans un règlement intérieur adopté en formation plénière.
Ce règlement précise également les conditions dans lesquelles un membre du comité peut recevoir, par appel téléphonique, une question d'un agent et en assurer une première orientation.