Le comité :
- peut, lors de l'instruction d'un dossier, désigner en son sein un rapporteur ;
- peut s'adjoindre à titre consultatif des personnes disposant de compétences dans un domaine d'expertise spécifique, notamment quand sont en cause des règles déontologiques propres à ce domaine ;
- peut auditionner un représentant du chef du service concerné par une demande d'avis formée par un ministre, un chef de service ou une organisation syndicale représentative ;
- auditionne, à sa demande, l'organisation syndicale représentative à l'origine d'une saisine.
Les saisines relatives à la situation individuelle d'un agent, lorsqu'elles émanent de l'agent lui-même, font l'objet d'une réponse confidentielle du comité adressée à l'agent seul. Lorsqu'elles émanent d'un chef de service, l'agent concerné est informé de la saisine, mis à même de présenter des observations s'il le souhaite et reçoit transmission de la réponse.
Le comité travaille en lien étroit avec le réseau des agents que chaque chef de service, dans les directions d'administration centrale des ministères sociaux et leurs services déconcentrés ainsi que dans les agences régionales de santé, désigne comme correspondants déontologues chargés d'assurer, sous son autorité, la collecte et le traitement des déclarations d'intérêts qui lui sont remises. Ces correspondants peuvent apporter un conseil de premier niveau en matière de déontologie, consistant en une information ou un rappel des obligations et principes déontologiques, notamment en matière de prévention des conflits d'intérêts.
Lorsque le comité de déontologie est saisi, par un agent, d'une question à laquelle une information ou un rappel des obligations et principes déontologiques suffisent pour répondre, il peut la renvoyer au correspondant déontologue compétent en en informant l'agent auteur de la saisine.