Les orientations relatives à l'exploitation et à la gestion du portail national des limites maritimes sont fixées par un comité de pilotage qui se réunit au minimum une fois par an. Sous la présidence du secrétaire général de la mer, ce comité de pilotage comprend :
- un représentant du ministre des affaires étrangères ;
- un représentant du ministre chargé de la mer ;
- un représentant du ministre de la défense ;
- un représentant du ministre chargé de l'environnement ;
- un représentant du ministre chargé des outre-mer ;
- un représentant du service hydrographique et océanographique de la marine.