Les membres et les agents de la commission observent le secret de la défense nationale, le secret professionnel et le devoir de discrétion professionnelle auxquels ils sont tenus par la loi.
Ces obligations se perpétuent après le terme du mandat de membre ou des fonctions d'agent de la commission.
Le secret de la défense nationale n'est pas opposable aux membres et aux agents de la commission entre eux. Ils se doivent mutuellement toute l'information utile au bon accomplissement de leurs missions.
Le partage du secret de la défense nationale avec un service ou un agent extérieur à la commission pour le traitement d'un dossier n'autorise pas la méconnaissance du secret couvrant une autre affaire.
Aucune affaire particulière ou générale couverte par le secret de la défense nationale ne peut être évoquée avec un service ou un agent qui n'a pas besoin d'en connaître et n'y est pas habilité.