Les conseils scientifiques en médecine, en pharmacie et en odontologie ont pour mission, chacun en ce qui le concerne, de préparer et de vérifier les sujets susceptibles d'être posés respectivement aux épreuves classantes nationales d'accès au troisième cycle des études de médecine, au concours d'internat à titre européen et au concours spécial d'accès au diplôme d'études spécialisées de médecine du travail, au concours d'internat à titre étranger et aux concours d'internat aux troisièmes cycles des études de pharmacie et d'odontologie.
En relation avec les experts, les conseils scientifiques s'assurent de l'absence d'ambiguïté dans les libellés des sujets et veillent à l'adéquation des sujets avec les programmes des épreuves et des concours. Chaque année, sous la responsabilité de leurs présidents respectifs, les membres des conseils scientifiques s'assurent de la pertinence des questions, les mettent à jour le cas échéant, et vérifient que leur nombre et leur qualité permettent un tirage au sort efficient des différents types d'épreuves des épreuves classantes nationales et des concours d'internat.
Les conseils scientifiques en médecine et en pharmacie sont responsables dans les mêmes conditions de l'élaboration et de la vérification des sujets des épreuves de contrôle des connaissances pour l'accès aux diplômes de formations médicales spécialisées et de formations médicales spécialisées approfondies.