Chaque conseil est composé de personnels titulaires enseignants et hospitaliers au sens de l'article L. 952-21 du code de l'éducation.
Les conseils scientifiques en médecine et en pharmacie comprennent entre neuf et treize membres dont un président, un vice-président et un secrétaire général nommés pour une durée de trois ans par arrêté des ministères chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
Le conseil scientifique en odontologie comprend huit membres dont un président, un vice-président et un secrétaire général nommés pour une durée de trois ans par arrêté des ministères chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
Le mandat de président de conseil scientifique est renouvelable une fois.
Des personnes, reconnues pour leurs compétences, peuvent être ponctuellement associées en tant que de besoin.
En cas de démission ou d'empêchement d'un ou de plusieurs membres, le remplacement intervient selon les mêmes règles de désignation pour la durée du mandat restant à courir.