Un protocole conclu entre le ministère de l'intérieur et le ministère chargé de l'énergie, d'une part, et le ministère de la défense, d'autre part, fixe leurs obligations respectives en moyens et en personnels pour le fonctionnement du Commandement spécialisé pour la sécurité nucléaire et l'accomplissement de ses missions ainsi que les conditions du suivi annuel de ses actions et résultats.