L'étudiant peut demander à réaliser un ou deux stages consécutifs à Saint-Pierre-et-Miquelon, dans les îles Wallis et Futuna, en Polynésie française ou en Nouvelle-Calédonie. Ces stages sont comptabilisés au titre des stages qu'il peut accomplir dans une région différente de celle dont relève sa subdivision d'affectation.
Une convention agréée par arrêté des ministres chargés de la santé, de l'enseignement supérieur et de l'outre-mer, et, le cas échéant, du ministre de la défense entre l'université de rattachement, l'agence régionale de santé du ressort géographique de l'université de rattachement et le territoire concerné ainsi que l'autorité militaire compétente pour les internes des hôpitaux des armées et les assistants des hôpitaux des armées fixe notamment les modalités d'organisation de la formation en stage et hors stage, les modalités d'agrément des lieux et praticiens-maîtres de stage des universités, les règles de choix de stage et les modalités d'affectation des étudiants inscrits dans une unité de formation et de recherche de médecine désirant réaliser un stage au sein d'une des collectivités d'outre-mer susmentionnées.
Cette convention prévoie également les dispositions relatives aux prises en charge financières respectives.
L'université de rattachement est déterminée par arrêté des ministres chargés de la santé et de l'enseignement supérieur.