L'audit externe, réalisé tous les trois ans par un organisme d'inspection, porte sur l'adéquation du système de gestion de la sécurité aux enjeux de sécurité.
Il traite de l'ensemble des points prévus à l'annexe 1 au moins tous les six ans.
Il porte également sur la bonne application des procédures du système de gestion de la sécurité, en particulier l'effectivité du contrôle interne, notamment par des visites sur site. Il ne se traduit pas par un audit systématique de l'ensemble des procédures ou équipements, mais son étendue est à l'appréciation de l'organisme d'inspection au vu des constats réalisés et des risques identifiés.