Le système de gestion de la sécurité (SGS) comprend l'ensemble des règles, des procédures et des méthodes permettant de satisfaire à l'objectif de sécurité prévu à l'article 3 du décret du 30 mars 2017 susvisé.
Il traite des points qui concernent l'exploitant ferroviaire prévus à l'annexe 1 en étant proportionné aux enjeux de sécurité. Parmi ces points figurent notamment les procédures de contrôle interne, en particulier la qualification des constats lors des contrôles ainsi que les suites données à ces constats.