Une comptabilité analytique est tenue par l'agent comptable ou sous son contrôle, selon un plan établi par le président du directoire et approuvé par le conseil de surveillance après avis des commissaires aux comptes et du comité d'audit mentionné à l'article 11.
Cette comptabilité permet de mesurer et suivre les coûts des différentes missions assurées par l'établissement public au titre des I à IV de l'article 1er de l'ordonnance du 21 avril 2016 susvisée.
Elle distingue les opérations réalisées pour le compte de l'Etat et celles réalisées pour le compte d'autres donneurs d'ordres.
Un état retraçant les résultats de la comptabilité analytique est joint au compte financier adressé aux autorités de tutelle.