La commission spécialisée « système de santé et sécurité des patients » réunit l'expertise nécessaire à l'analyse des risques liés à l'organisation du système de santé ou à des pratiques pouvant avoir un impact sur la santé de la population et à l'évaluation des stratégies de gestion de ces risques. En tant que de besoin, elle établit une collaboration avec la commission spécialisée « maladies infectieuses et maladies émergentes », notamment dans le domaine des maladies émergentes et des infections associées aux soins.
Les directeurs généraux de l'Agence nationale de santé publique, de l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé, de l'Agence de la biomédecine, de l'Etablissement français du sang, de l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire et le président du collège de la Haute Autorité de santé, ou leurs représentants, sont membres de droit de cette commission spécialisée.