Le conseil d'administration élit un président en son sein. Il comprend deux vice-présidents, dont le premier est le représentant de l'Etat désigné par le ministre chargé de l'urbanisme. Il élit le second vice-président en son sein. Le premier ou, à défaut, le second vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement.
En cas de vacance de la présidence du conseil d'administration, pour quelque cause que ce soit, le premier vice-président ou, à défaut, le second vice-président, ou, si ce dernier est à son tour empêché, le préfet de Guyane, peut convoquer un conseil d'administration, dont l'ordre du jour comporte l'élection d'un nouveau président et, le cas échéant, du vice-président à remplacer.
Le président et le second vice-président sont élus pour une durée de trois ans. Ils sont rééligibles.
Le président et les deux vice-présidents composent le bureau. Le président du conseil d'administration préside le bureau. Le préfet de Guyane, le directeur de l'environnement, de l'aménagement et du logement de Guyane, le représentant de l'autorité chargée du contrôle économique et financier de l'Etat et l'agent comptable de l'établissement assistent également de droit aux réunions du bureau et y sont entendus chaque fois qu'ils le demandent. Le président du bureau peut inviter toute personne dont l'audition lui paraît utile.