L'établissement est administré par un conseil de douze membres dotés chacun d'un suppléant, conformément aux dispositions de l'article R.* 321-4 du code de l'urbanisme. Il est composé comme suit :
1° Six membres représentant l'Etat, désignés par les ministres chargés respectivement :
- de l'urbanisme ;
- du logement ;
- du budget ;
- des transports ;
- des outre-mer ;
- de l'agriculture.
2° Six membres représentant les collectivités territoriales et leurs groupements :
- trois représentants de la collectivité territoriale de Guyane désignés en son sein par l'assemblée de Guyane ;
- trois représentants désignés, dans les conditions prévues par l'article L. 321-22 du code de l'urbanisme ainsi que par l'alinéa suivant, en son sein par l'assemblée des présidents des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre compétents en matière de plan local d'urbanisme et des maires des communes non membres de tels établissements, ou de leur représentant.
La désignation par cette assemblée assure la représentation d'au moins un établissement public de coopération intercommunale à fiscalité propre compétent en matière de plan local d'urbanisme. Si aucun établissement de ce type n'existe, deux des représentants sont issus de communes ayant au moins 10 000 habitants.
Le préfet de Guyane publie par arrêté la liste nominative des membres du conseil d'administration désignés par cette assemblée.
Assistent également de droit au conseil d'administration, avec voix consultative un représentant :
- de la chambre de commerce et d'industrie ;
- de la chambre d'agriculture ;
- du conseil économique, social et environnemental de Guyane.
Chacun de ces représentants est choisi en son sein par l'organe délibérant de l'organisme.