L'Ecole militaire de la flotte, au sens du b du 1° de l'article 3 du décret n° 2008-938 du 12 septembre 2008 susvisé, relève du directeur du personnel militaire de la marine.
Elle est dirigée par le directeur général de l'Ecole navale dans les conditions prévues aux articles R. 3411-89 et R. 3411-102 du code de la défense.