Le Conseil supérieur de la fonction militaire soit siège en séance plénière sur décision de son secrétaire général, soit est convoqué en réunion ou en commission par ce dernier.
Les conseils de la fonction militaire siègent, sur décision de leur secrétaire général, soit en séance plénière, soit en groupes de travail.
Les secrétaires généraux assistent aux différents travaux de leurs conseils respectifs, mais ne participent pas aux votes. Les membres s'expriment librement sur chacune des questions posées et donnent un avis, recueilli par le secrétaire général, à la majorité des voix. Toutefois, ils sont tenus à l'obligation de réserve dans la diffusion des opinions exprimées en séance. Les secrétaires généraux sont tenus à une obligation de neutralité dans les débats des conseils.
Le vote est secret si un tiers au moins des membres présents le demande ou sur décision du secrétaire général. Le dépouillement est alors effectué par le secrétaire général en présence du secrétaire du conseil et de deux membres désignés par ce dernier.