Le ministre de la défense préside le Conseil supérieur de la fonction militaire. Il fixe la date des réunions du conseil et des commissions et en arrête l'ordre du jour. Les travaux du conseil ne sont pas publics. En l'absence du président, le secrétaire général organise et anime les travaux du conseil.
Le conseil se réunit au moins deux fois dans l'année en séance plénière en présence de son président.