L'exploitant de l'installation où est réalisée l'opération de valorisation met en place les obligations d'auto-contrôle décrites ci-dessous. Les procédures permettant de vérifier le respect de ces obligations d'auto-contrôle sont consignées dans le manuel de qualité mentionné dans l'arrêté ministériel du 19 juin 2015 susvisé.
Le personnel compétent effectue une vérification administrative et une inspection visuelle des déchets entrant dans l'opération de valorisation et des graisses, huiles et esters méthyliques d'acides gras sortant de l'opération de valorisation. S'il existe un doute sur la nature ou la composition du déchet entrant ou des graisses, huiles et esters méthyliques d'acide gras issus de l'opération de valorisation que des analyses complémentaires ne permettent pas d'écarter, le personnel compétent les expédie vers une installation de gestion de déchets autorisée à les recevoir.