Les comptes financiers des universités Clermont-Ferrand-I et Clermont-Ferrand-II relatifs à l'exercice 2016 sont respectivement établis par les agents comptables en fonctions lors de la suppression de chaque université. Ils sont arrêtés par le conseil d'administration de l'université Clermont Auvergne.
L'assemblée constitutive provisoire ou le conseil d'administration de l'université Clermont Auvergne adopte le budget de l'université Clermont Auvergne pour l'année 2017 préparé par l'administrateur provisoire ou par le président de l'université Clermont Auvergne.