Les certificats d'économie de produits phytopharmaceutiques peuvent faire l'objet de contrôles sur pièces portant sur la réalité des actions déclarées, attestée notamment par la production des pièces justificatives énoncées dans l'action standardisée ayant conduit à leur délivrance.
A l'issue de ce contrôle et après que l'obligé ou l'éligible a été mis en mesure de faire valoir ses observations, si des actions déclarées ne peuvent être justifiées, le nombre de certificats d'économie de produits phytopharmaceutiques détenus par l'obligé ou l'éligible est diminué de l'écart constaté entre le nombre de certificats obtenus et le nombre de certificats correspondant à la réalité des justificatifs.
Lorsque l'écart constaté entre le nombre de certificats obtenus et le nombre de certificats correspondant à la réalité des justificatifs est supérieur ou égal à 3 % et inférieur à 10 % des certificats d'économie de produits phytopharmaceutiques de l'obligé pour l'année correspondante, l'obligé se voit notifier des obligations complémentaires par le ministre chargé de l'agriculture correspondant à la moitié des certificats non justifiés. Lorsque cet écart est supérieur ou égal à 10 %, les obligations complémentaires correspondent au nombre de certificats non justifiés.
Les pièces justificatives doivent être conservées par le premier détenteur d'un certificat d'économie de produits phytopharmaceutiques, jusqu'au 31 décembre 2022.