Le centre est dirigé par un directeur, nommé sur proposition du directeur des ressources humaines du ministère de la défense, pour une durée de trois ans renouvelable une fois.
Le directeur du centre de formation au management du ministère de la défense est assisté d'un adjoint, nommé sur sa proposition pour une durée de trois ans renouvelable une fois et qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.