Pour stopper la perte de biodiversité en outre-mer et préserver son rôle en faveur de l'adaptation des territoires au changement climatique, l'Etat se fixe comme objectifs, avec l'appui de ses établissements publics sous tutelle et en concertation avec les collectivités territoriales concernées :
1° D'élaborer et de mettre en œuvre un programme d'actions territorialisé de protection de 55 000 hectares de mangroves d'ici à 2020 ;
2° D'élaborer, dans le cadre de l'initiative française pour les récifs coralliens et sur la base d'un bilan de l'état de santé des récifs coralliens et des écosystèmes associés réalisé tous les cinq ans, un plan d'action contribuant à protéger 75 % des récifs coralliens dans les outre-mer français d'ici à 2021. Dans le cadre de ce plan d'action, l'Etat se fixe pour objectif d'interdire, dans les zones sous souveraineté ou juridiction françaises, les opérations de dragage des fonds marins dans lesquels des récifs coralliens sont présents, à l'exception des opérations de dragage qui visent à assurer la continuité du territoire par les flux maritimes. En outre, les opérations de dragage des fonds marins qui visent à assurer la continuité du territoire par les flux maritimes doivent éviter au maximum la destruction des récifs coralliens ;
3° D'expérimenter la mise en place d'un réseau d'aires protégées s'inspirant du réseau Natura 2000.