L'évaluation mesure les effets de l'expérimentation sur la situation globale des territoires en matière d'emploi, de qualité de vie, d'inégalités et de développement durable.
En particulier, elle s'attache à déterminer l'impact de l'expérimentation sur ces différents aspects, en comparant l'évolution constatée sur ces dimensions par rapport à une situation où l'expérimentation n'aurait pas été mise en place. Elle utilise à cette fin tous les instruments d'observation adaptés de nature quantitative ou qualitative.
Le comité scientifique procède à une analyse coût-bénéfice de l'expérimentation. Il évalue notamment l'impact, global et territoire par territoire, de l'expérimentation sur les finances publiques. Il porte également une attention particulière à la soutenabilité du financement de l'expérimentation. Il a accès à tous les documents comptables et financiers de gestion du fonds. Il analyse les conditions d'une éventuelle généralisation.