L'agrément est délivré par le ministre chargé de la santé, après avis de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, si la demande porte sur des paramètres physico-chimiques ou microbiologiques, ou de l'Autorité de sûreté nucléaire si la demande porte sur des paramètres radiologiques, pour une durée maximale de 5 ans.
La liste des laboratoires agréés pour le contrôle sanitaire des eaux est disponible sur le site internet du ministère chargé de la santé.