Les mesures destinées à déterminer les concentrations de substances polluantes dans l'air et dans l'eau sont effectuées de manière représentative et, pour les polluants atmosphériques, conformément aux dispositions de l'arrêté du 7 juillet 2009 susvisé.
L'échantillonnage et l'analyse de toutes les substances polluantes, y compris les dioxines et les furanes, ainsi que l'étalonnage des systèmes de mesure automatisés au moyen de techniques de mesures de référence, sont effectués conformément aux normes en vigueur. Les méthodes de mesure, prélèvement et analyse, de référence en vigueur sont fixées par l'arrêté du 7 juillet 2009 susvisé. Dans l'attente de la publication des normes européennes dans le recueil de normes AFNOR, les normes des Etats membres de l'Union européenne et de pays parties contractantes de l'accord EEE peuvent également être utilisées comme textes de référence en lieu et place des normes françaises, dès lors qu'elles sont équivalentes.
L'installation correcte et le fonctionnement des équipements de mesure en continu et en semi-continu des polluants atmosphériques ou aqueux sont soumis à un contrôle et un essai annuel de vérification par un organisme compétent. Un étalonnage des équipements de mesure en continu des polluants atmosphériques ou aqueux est effectué au moyen de mesures parallèles effectuées par un organisme compétent. Pour les polluants gazeux, cet étalonnage est effectué par un organisme accrédité par le Comité français d'accréditation (COFRAC) ou par un organisme signataire de l'accord multilatéral pris dans le cadre de la coordination européenne des organismes d'accréditation ou par un organisme agréé par le ministère en charge de l'inspection des installations classées, s'il existe, selon les méthodes de référence, au moins tous les trois ans et conformément à la norme NF EN 14181 version de décembre 2014.