La mission stratégie et recherche coordonne la contribution de la direction générale de la santé à la définition, au suivi et à l'évaluation de la stratégie nationale de santé ; elle apporte un appui méthodologique à sa déclinaison opérationnelle au niveau national et régional, notamment dans le cadre de l'élaboration des plans et programmes de santé, ainsi que pour la programmation de leur suivi et de leur évaluation, et dans le cadre du développement de la politique interministérielle en matière de santé. Elle coordonne les contributions des services pour l'élaboration du projet stratégique de la direction. Elle coordonne les activités de veille scientifique et d'appui à l'innovation de la direction.
Elle apporte un appui méthodologique à l'identification des besoins de connaissances en appui à l'élaboration et à la mise en œuvre de la politique de santé. Elle coordonne la contribution de la direction à la prise en compte de ces besoins, au niveau national et européen, pour le développement et l'organisation de l'exploitation des systèmes d'information en santé, l'organisation des activités d'expertise scientifique et la programmation des appels à projets de recherche.
Elle assure le secrétariat et l'animation du comité permanent restreint du comité interministériel pour la santé et du comité pour la recherche en santé des ministères sociaux ; elle assure le secrétariat général du Haut Conseil de la santé publique.
Elle contribue à l'exercice de la tutelle sur l'Ecole des hautes études en santé publique et sur l'Institut national de la santé et de la recherche médicale.
Elle apporte son concours à la direction générale de l'organisation des soins pour la détermination des besoins en professionnels de santé, la définition de leurs compétences et la détermination de leurs besoins de formation.