Les PREJ sont composés de personnels du corps d'encadrement et d'application et du corps de commandement du personnel de surveillance.
Ces personnels sont placés sous la responsabilité de l'officier en charge de l'Autorité de régulation et de planification des extractions judiciaires (ARPEJ) qui organise leurs missions et leur service, lui-même placé sous l'autorité du directeur interrégional des services pénitentiaires.
Les agents affectés en PREJ sont amenés à exercer des missions en dehors de la direction interrégionale de rattachement.