Les principales missions exercées par les agents en PREJ sont les suivantes :
- réaliser les extractions judiciaires, dans les conditions prévues aux articles D. 57, D. 314 et D. 315 du code de procédure pénale ;
- réaliser les translations judiciaires, dans les conditions prévues aux articles D. 57, D. 297 et D. 298 du code de procédure pénale ;
- exécuter, le cas échéant, les autorisations de sortie sous escorte délivrées par l'autorité judiciaire dans les conditions prévues aux articles 148-5 et 723-6 du code de procédure pénale.