Les crédits européens relevant des programmes opérationnels financés par le FEAMP sont perçus par l'Agence de services et de paiement par l'intermédiaire du service du contrôle budgétaire et comptable ministériel près les ministères financiers.
L'autorité de certification est responsable de la transmission des déclarations de dépenses éligibles supportées par le bénéficiaire et sur la base desquelles la Commission européenne détermine les montants des paiements intermédiaires et du paiement final à effectuer pour le programme opérationnel.
Le paiement des aides européennes relevant du FEAMP au bénéficiaire est effectué par l'Agence de services et de paiement.