Les crédits européens relevant du FEADER sont perçus sur un compte de tiers mutualisé entre le FEAGA et le FEADER, tenu dans les écritures du service de contrôle budgétaire et comptable ministériel près les ministères financiers.
Pour l'application de l'article 102 du règlement (UE) n° 1306/2013 du Parlement et du Conseil du 17 décembre 2013 susvisé, les organismes payeurs sont responsables de la transmission des déclarations de dépenses sur la base desquelles la Commission européenne détermine le montant des paiements intermédiaires et du paiement final à effectuer à la France pour chaque programme.