Les crédits européens relevant des programmes opérationnels financés par le FEDER et le FSE sont perçus par les autorités de gestion par l'intermédiaire du service du contrôle budgétaire et comptable ministériel près les ministères financiers.
Les crédits européens relevant des programmes de coopération territoriale européenne financés par le FEDER sont perçus par l'autorité de certification. Lorsque les missions d'autorité de certification sont assurées par une direction régionale des finances publiques, les fonds transitent par le service du contrôle budgétaire et comptable ministériel près les ministères financiers.