Conformément à l'article 72.2 du « règlement général », SYNERGIE, système d'information pour les fonds européens, composé de différentes applications à gestion répartie, permet durant la période de programmation 2014-2020 d'assurer le suivi des fonds, des programmes et de l'accord de partenariat.
Pour le FEDER et le FSE, SYNERGIE assure le pilotage, le suivi, la gestion, la certification, le contrôle et l'audit. Des systèmes d'information peuvent néanmoins être mis en place par des autorités de gestion pour les modules de gestion, pilotage, suivi et certification de leurs programmes, le contrôle, audit et pilotage national étant obligatoirement assurés dans Synergie.
Pour le FEADER, les circuits de gestion des aides sont intégrés dans les systèmes d'information telePAC, ISIS et OSIRIS. L'utilisation de ces outils est obligatoire pour tous les acteurs intervenant sur ce fonds.
Pour le FEAMP, le circuit de gestion des aides est intégré à OSIRIS. Ce système d'information est l'outil obligatoire pour tous les acteurs du programme opérationnel.
En application de l'article L. 313-2 du code rural et de la pêche maritime, l'Agence de services et de paiement assure :
1° L'appui à la maîtrise d'ouvrage et la maîtrise d'œuvre technique du système d'information SYNERGIE hors applications associées, pour le commissariat général à l'égalité des territoires, qui en assure la maîtrise d'ouvrage ;
2° La maîtrise d'œuvre et la maîtrise d'ouvrage pour OSIRIS et ISIS.