L'épandage en surface du lisier, des fientes sèches et du fumier non assainis est interdit.
Ils peuvent être enfouis à une profondeur empêchant les oiseaux et autres animaux d'y avoir accès, dans des conditions définies par instruction du ministre chargé de l'agriculture.
L'assainissement du lisier, des fientes sèches et du fumier peut être obtenu soit par stockage et assainissement naturel (sans ajout), soit par assainissement rapide par toute méthode validée par instruction du ministre chargé de l'agriculture, soit par traitement conformément au règlement (CE) n° 1069/2009 susvisé.
Le délai d'assainissement naturel pour le lisier ou pour les fientes sèches est de soixante jours. Il est de quarante-deux jours pour le fumier mis en tas et laissé exposé à sa propre chaleur.