La commission se réunit sur convocation du président trois fois par an.
Pour délibérer valablement, la commission doit être composée d'au moins onze membres.
La commission émet ses avis à la majorité des membres présents ayant voix délibérative. Les membres absents ont la faculté d'adresser leurs observations au secrétariat.
En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné.
Le ministre de la défense statue après avoir eu connaissance des avis de la commission.
L'avis de la commission est mentionné dans la décision définitive notifiée à l'agent.