Un administrateur provisoire, nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'outre-mer et du ministre chargé du budget, exerce les compétences attribuées au directeur général de l'Agence par l'article R. 1803-27 du code des transports jusqu'à la nomination de celui-ci.
Par dérogation au présent décret, le budget relatif au premier exercice, commençant le 1er janvier 2016, est arrêté, sur proposition de l'administrateur provisoire ou, le cas échéant, du directeur général, par les ministres de tutelle. Ce budget peut être modifié par le conseil d'administration dès sa première réunion.