La Fondation nationale des sciences politiques est administrée par un conseil d'administration comprenant vingt-cinq membres, français ou étrangers, répartis en neuf catégories :
1° Le vice-président du Conseil d'Etat ;
2° Le président du conseil de l'Institut d'études politiques de Paris et le président du conseil d'administration de l'association des anciens élèves de l'institut ;
3° Un professeur au Collège de France ;
4° Trois représentants du personnel de la Fondation nationale des sciences politiques, parmi lesquels un élu issu des cadres, autres que les enseignants et les chercheurs, un élu issu des employés et le secrétaire du comité d'entreprise ;
5° Trois représentants élus des enseignants et des chercheurs relevant, à titre permanent, de la Fondation nationale des sciences politiques, de l'Institut d'études politiques de Paris ou des unités de recherche auxquelles l'institut est partie : deux professeurs d'université et un maître de conférences, ou personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation ou enseignants et chercheurs de même niveau de la Fondation nationale des sciences politiques ;
6° Un représentant élu des chargés d'enseignement à l'Institut d'études politiques de Paris ;
7° Deux représentants élus des étudiants de l'Institut d'études politiques de Paris ;
8° Un représentant des organisations syndicales de salariés et un représentant des organisations syndicales patronales ;
9° Dix représentants des fondateurs appartenant au monde des universités, des affaires publiques, des activités économiques et sociales ou ayant consenti une libéralité à la Fondation nationale des sciences politiques.