La couverture des coûts relatifs à la mise en place et à la tenue du registre national est assurée par les frais de tenue de compte, à la charge des détenteurs des comptes, dont le montant est approuvé par la Commission de régulation de l'énergie. A cet effet, la Commission de régulation de l'énergie a accès aux comptes du délégataire en charge du registre.
Ces frais sont pris en compte dans le calcul des charges de service public portant sur l'achat de biométhane injecté dans les réseaux de gaz naturel et donnant droit à compensation, conformément aux articles R. 121-77 à R. 121-89.
Les frais de tenue de compte sont établis afin d'assurer la stricte couverture des coûts d'investissement, d'établissement et d'exploitation imputables à la mission décrite à l'article D. 446-21, tels qu'ils ont été exposés par le délégataire dans son dossier de candidature décrit à l'article D. 446-24 ainsi que la rémunération demandée.