Le directeur de l'établissement est un officier général du service de santé des armées en activité de service nommé par décret en conseil des ministres, sur proposition conjointe du ministre de tutelle et du ministre de la défense. Il lui est adjoint un officier du corps des commissaires des armées nommé par le ministre de tutelle, sur proposition du ministre de la défense.
Le directeur prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration. Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ; il est l'ordonnateur des recettes et des dépenses ; il a autorité sur les personnels de l'établissement et, d'une manière générale, il exerce les compétences qui ne sont pas attribuées au conseil d'administration par l'article L. 622-2.