L'Institut national de la jeunesse et de l'éducation populaire est doté d'un conseil scientifique et d'orientation, composé de deux collèges.
Le collège partenarial propose des orientations et débat de toutes les missions et activités du service. Il est composé de représentants des administrations, de représentants du personnel et de personnalités qualifiées issues du milieu associatif ainsi que de représentants des collectivités territoriales.
Le collège scientifique examine les questions relatives aux objectifs des activités de recherche, d'étude, d'évaluation, et de prospective, à leur méthodologie, ainsi qu'à leur publication et à la diffusion de leurs résultats. Il définit en particulier les modalités d'évaluation des différents programmes expérimentaux financés par le fonds d'expérimentation pour la jeunesse, émet des recommandations méthodologiques concernant les dispositifs expérimentés et des avis sur les modalités d'évaluation proposées. Il apporte également son expertise à la capitalisation des enseignements tirés des expérimentations. Il formule des propositions en matière de coopération avec d'autres instances scientifiques. Il peut en outre être consulté sur toute question d'ordre scientifique. Il est garant du respect de la charte de déontologie du service et à ce titre, il joue un rôle de médiation en cas de différend entre les personnels et la direction liés à l'autonomie scientifique. Il est composé de personnalités qualifiées issues du milieu de la recherche.
La composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique et d'orientation sont fixées par arrêté du ministère chargé de la jeunesse.