Est désigné sous l'appellation « site Natura 2000 gîtes et habitats à chauves-souris en Bourgogne » (zone spéciale de conservation FR 2601012) l'espace délimité sur la carte d'assemblage au 1/700 000 et les vingt-trois cartes au 1/25 000 ci-jointes, s'étendant :
- dans le département de la Côte-d'Or, sur la totalité du territoire des communes suivantes : Avosnes, Boux-sous-Salmaise, Brain, Bussy-la-Pesle, Champrenault, Charencey, Chevannay, Dampierre-en-Montagne, Drée, Gissey-sous-Flavigny, Hauteroche, Jailly-les-Moulins, Marcellois, Massingy-lès-Vitteaux, Posanges, Roche-Vanneau, Saffres, Saint-Anthot, Saint-Hélier, Saint-Jean-de-Losne, Saint-Mesmin, Thenissey, Verrey-sous-Drée, Verrey-sous-Salmaise, Villeberny, Villeferry, Villy-en-Auxois et sur une partie du territoire des communes suivantes : Alise-Sainte-Reine, Arnay-le-Duc, Arnay-sous-Vitteaux, Athée, Aubigny-lès-Sombernon, Auxonne, Baigneux-les-Juifs, Blaisy-Bas, Blaisy-Haut, Blancey, Bligny-le-Sec, Boussey, Brazey-en-Plaine, Bussy-le-Grand, Chambeire, Chambolle-Musigny, Chassey, Civry-en-Montagne, Corpoyer-la-Chapelle, Darcey, Duesme, Flagey-Echézeaux, Flavigny-sur-Ozerain, Foissy, Frôlois, Gilly-lès-Cîteaux, Gissey-le-Vieil, Grosbois-en-Montagne, Grésigny-Sainte-Reine, Jancigny, Labergement-Foigney, Lamarche-sur-Saône, Longchamp, Losne, Marcilly-Ogny, Marcilly-et-Dracy, Marigny-le-Cahouët, Maxilly-sur-Saône, Mimeure, Motte-Ternant, Ménétreux-le-Pitois, Nuits-Saint-Georges, Orret, Poiseul-la-Ville-et-Laperrière, Poncey-lès-Athée, Pouillenay, Premières, Quemigny-sur-Seine, Saint-Prix-lès-Arnay, Saint-Sauveur, Saint-Symphorien-sur-Saône, Saint-Usage, Sainte-Colombe, Salmaise, Saulieu, Savigny-lès-Beaune, Savigny-sous-Mâlain, Sombernon, Source-Seine, Soussey-sur-Brionne, Sussey, Talmay, Thoisy-la-Berchère, Tillenay, Trouhaut, Turcey, Uncey-le-Franc, Venarey-les-Laumes, Vesvres, Vic-sous-Thil, Vieilmoulin, Villargoix, Villers-les-Pots, Villiers-le-Duc, Villotte-Saint-Seine, Vitteaux, Vonges, Vougeot, Echenon, Eguilly ;
- dans le département de l'Yonne, sur une partie du territoire des communes suivantes : Angely, Celle-Saint-Cyr, Cézy, Dissangis, Isle-sur-Serein, Massangis, Saint-Fargeau, Saint-Julien-du-Sault, Saint-Martin-des-Champs, Verlin ;
- dans le département de la Nièvre, sur une partie du territoire des communes suivantes : Alluy, Biches, Brinay, Cessy-les-Bois, Challement, Chaumot, Chitry-les-Mines, Corbigny, Lys, Marigny-sur-Yonne, Pazy, Saint-Didier ;
- dans le département de Saône-et-Loire, sur une partie du territoire des communes suivantes : Collonge-en-Charollais, Genouilly, Joncy, Saint-Clément-sur-Guye, Saint-Léger-du-Bois, Sully, Epinac.