Pour l'exercice de ses missions, le médecin des gens de mer procède à tout examen médical nécessaire, conduit des actions en milieu de travail à bord des navires, au sein des entreprises d'armement maritime ou dans les centres d'enseignement maritime.
Le médecin des gens de mer et l'infirmier des gens de mer ont, pour l'exercice de leur mission, libre accès à bord de tout navire sous pavillon français.