Le demandeur adresse son projet à la direction départementale des territoires dans le ressort de laquelle se situe le siège de son exploitation, qui procède à l'instruction des demandes et soumet au préfet de région la liste des dossiers classés par ordre de priorité compte tenu des critères mentionnés à l'article 5. La direction départementale accuse réception de la demande et informe le demandeur, le cas échéant, qu'il n'a pas fourni l'ensemble des informations ou pièces exigées pour l'instruction de la demande.
La direction régionale de l'agriculture, de l'alimentation et de la forêt émet un avis sur les dossiers éligibles dans la limite des crédits disponibles en fonction de ces mêmes critères.
Les personnes dont le dossier a été sélectionné adressent leur demande de paiement de l'aide, au plus tard le 31 décembre 2016 à la direction départementale des territoires, accompagnée de l'ensemble des factures acquittées correspondant aux travaux réalisés.
Si la demande est rejetée à l'issue du processus d'instruction et de sélection, le demandeur en est informé par décision motivée.