L'établissement public assure la garde de collections appartenant à l'Etat.
Ces collections sont gérées selon des modalités déterminées par une convention passée entre le ministre chargé de la culture et l'établissement définissant notamment les conditions des prêts et dépôts. La direction générale des patrimoines contrôle la bonne gestion des collections dans le cadre de cette convention et vérifie la tenue des inventaires et le respect des règles applicables à la gestion des collections nationales.
Un conseil scientifique est placé auprès du directeur du musée de la musique. Sa composition est fixée par arrêté du ministre chargé de la culture qui en nomme les membres pour une durée de trois ans renouvelable sur proposition du directeur général. Il est consulté par celui-ci sur les orientations de la politique scientifique et culturelle du musée et sur les modalités de prêt et de dépôt des œuvres inscrites à l'inventaire du musée de la musique ainsi que sur toute autre question que le directeur lui soumet sur la gestion scientifique des collections du musée. Il se réunit au moins une fois par an.