Le directeur général adjoint de l'établissement est nommé par le directeur général, pour une durée de trois ans renouvelable. Placé sous l'autorité du directeur général, il est chargé de l'administration et de la gestion de l'établissement. Il prépare et met en œuvre les décisions du directeur général et du conseil d'administration. Il assure, par délégation du directeur général, la direction des services de l'établissement.