Le président du conseil d'administration est nommé par décret en conseil des ministres, sur proposition du ministre de la défense, pour une durée de cinq ans renouvelable.
Il est choisi, après appel public à candidatures, publié au Journal officiel, parmi les personnalités justifiant d'une compétence scientifique dans les domaines d'activité de l'école ou ayant une expérience de l'enseignement supérieur ou de la recherche.